お化粧をしたまま行っても大丈夫でしょうか？

はい、大丈夫です。
ただし、うつぶせの状態で施術をさせていただいたり、頭蓋骨調整を行う時にお顔に触れますのでお化粧が多少崩れてしまうこともあります。